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微生物肥料是由一種或數種有益微生物、經工業化培養發酵而成的生物性肥料，應用于農用生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。特別是保護地蔬菜生產中，針對連年超量施肥，土壤中殘余大量未被吸收成分，對土質造成破壞引起的土壤鹽化、酸化，通過施用微生物肥料，可明顯起到改良土壤、減少化肥用量、提高蔬菜品質的作用。

復合微生物肥料：是把無機營養元素、有機質、微生物菌有機結合于一體，體現無機化學肥料、有機肥料以及微生物肥料的綜合效果，是化解土壤板結現象，修復和調理土壤，提高化學肥料利用率，提高果實品質及產量的首推肥料。

生物有機肥：是指特定功能微生物與主要以動植物殘體為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的肥料。

微生物肥料具有生態適應性，施用時應依據當地生態狀況、作物品種、土壤類型和耕作方式等確定具體施用方式和施用量，以達到較佳的作用效果。

微生物肥料可用作基肥、追肥、溝施或穴施，還可拌種、浸種、蘸根。其中生物有機肥一般作基肥、種肥、追肥。農用微生物菌劑除作基肥、種肥、追肥外，還可葉面噴施等。

1、微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格。一般微生物肥料中的微生物在土壤溫度為18℃-25℃時生命活動較為活躍，15℃以下時活性開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，微生物肥料使用注意土壤溫度，土壤濕度。

2、注意施肥時期。微生物肥料施入土壤后，微生物需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般在15天后可發揮作用。如果作追施，在作物的營養臨界期前施用。施用時間適宜在清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可避免陽光中的紫外線將微生物殺死。避免在高溫、干旱條件下使用。

3、微生物肥料不能長期泡在水中，在水田施用應干濕灌溉，促進微生物活動。以好氧型微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。

4、微生物菌劑在施足有機肥基礎上效果佳。如果土壤中的有機質供應充足，菌劑中微生物就會大量繁殖，抑制有害菌。反之，微生物就會因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有機肥。

5、微生物肥料可單獨使用，也可與其它肥料混合使用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用，否則會因農家肥發酵產生的高溫殺死微生物而影響肥效。此外，避免與過酸、過堿的肥料混用。

6、避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不要將微生物肥料與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及草木灰混合用。不用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。

7、微生物肥料不宜久放。拆包后要及時施用，注意產品保質期。